Выходные модули отвечают за публикацию (в частности, рассылку) сформированных сертификатов и списков отзыва посредством выбранных транспортов и протоколов. По умолчанию сервер уведомляет каждый установленный выходной модуль о выпуске нового сертификата или списка отзыва.
Средства поддержки интерфейса модели компонентных объектов, которыми снабжен Microsoft Certificate Server, позволяют создавать специализированные выходные модули для различных транспортов, протоколов и параметров доставки. Например, выходной модуль протокола LDAP способен передавать службе каталогов все клиентские (но не серверные) сертификаты, определяя с помощью СОМ-интерфейса тип выданного сервером сертификата. Такой модуль позволяет Certificate Server публиковать сертификаты в любом каталоге, совместимом с протоколом LDAP.