Помимо клиентских и серверных сертификатов. Certificate Server может выдавать сертификаты, идентифицирующие сертифицирующие органы (СА).
СА-сертификат содержит открытый ключ, используемый для проверки цифровых подписей. Он идентифицирует сертифицирующий орган, выдавший сертификаты, серверам и клиентам, требующим такой проверки. Средствами СА-сертификата клиент может проверить правомочность сертификата, предъявленного сервером, и наоборот.
Головной сертифицирующий орган сам подписывает свои СА-сертификаты и удостоверяет правомочность сертификатов младших органов.